工廠管理輔導法於民國 99 年 6 月 2 日修正，主要為允許未合格登記工廠補辦臨時工廠登記，施行至 107 年 2 月底之前，進行臨時工廠登記申請補辦的違章工廠數量為 1 萬 1,440 家，當中已完成合法取得臨時工廠登記者為 7,216 家，依據經濟部數量統計，截至目前為止，國內應登記而未登記之工廠家數約尚有 3 萬 5,000 家，而臨時工廠登記有效期限至 109 年 6 月 2 日，因此輔導違章工廠合法化之問題，仍為國內立法與行政部門討論之重要議題，以下將針對可辦理工廠登記之土地類別、現階段農地可變更或申請臨時工廠登記之方式，以及農地違章工廠拆除與臨時工廠輔導合法方向進行說明與探討。
一、 可辦理工廠登記之土地類別
對於從事生產、加工、製成、銷售、進出口等企業，辦理工廠登記是相當重要的步驟，根據 {工廠管理輔導法} 工廠之定義 – 本法第三條內容「本法所稱工廠，指有固定場所從事物品製造、加工，其廠房達一定面積，或其生產設備達一定電力容量、熱能者。」; 對於工廠可登記之土地又於九條給予定義「設立工廠所使用之土地，以利用都市計畫工業區、非都市土地編定為丁種建築用地、依法編定開發之工業區或其他依法令規定可供設廠之土地為限」，下圖為可設立工廠登記之土地使用分區與類別：
可設立工廠登記之土地使用分區與類別
二、 現階段農地可變更或申請臨時工廠登記之方式
都市的擴張與產業的轉型亦是間接造成農地違章工廠存在的因素之一，目前針對農業用地，包含都市計畫農業區、農牧用地、養殖用地等申請變更為工業用地，以作為合法可供工業使用之方式，於現有法令規定下，有幾種方式可進行申請土地變更：
(一) 工業區開發或產業園區報編
- 申請工業區變更編訂 (規模 10 公頃以上)
- 申請產業園區之報編 (依產創條例，大多 5-10 公頃規模)
(二) 毗鄰土地變更編定 – 都市計畫工業區毗鄰土地變更處理原則
(三) 毗鄰土地變更編定 – 興辦工業人使用毗連非都市土地擴展計畫申請
(四) 特定目的事業變更
- 針對特的目的之事業或產業，申請土地變更編定為特定目的事業用地，規模 2 公頃內變更用地為特定目的事業用地 ; 規模大於 2 公頃變更分區為特定專用區以及變更用地為特定目的事業用地。
- 申請開發文教設施、學校、農、水產品集貨、運銷場所及冷凍（藏）庫等相關設施、生物技術產業設施、廢棄物清除處理、廢（污）水處理及防治公害等相關設施等，皆編定為特定目的事業用地。
(五) 工商綜合區開發
- 都市計畫內 5 公頃以上、非都市土地 10 公頃以上。
- 綜合工業、工商服務及展覽、修理服務、批發量販、購物中心。
(六) 補辦臨時登記工廠
- 97 年 3 月 14 日前已從事製造、加工且目前持續當中。
- 符合主管機關認定低汙染事業
- 符合環保、消防、水利、水保等相關規定。
(七) 特定地區個別與整體變更編定
- 依工廠管理輔導法第三十三條公告特定地區內，已補辦臨時工廠登記之低污染事業興辦產業人。
- 區外已補辦臨時工廠登記之低污染事業興辦產業人，取得直轄市或縣（市）工業主管機關或單位輔導進駐核准文件者。
現階段農地可變更或申請臨時工廠登記之方式
三、 農地違章工廠拆除與臨時工廠輔導合法方向
現有工廠管理輔導法針對申請臨時工廠登記大限，將於 109 年 6 月 2 日屆期，數萬家違章工廠近十年僅 7,400 家工廠申請並通過臨時工廠登記，近期針對農地工廠與臨時工廠議題，立院將進行討論與修法，依據目前草案方向彙整說明如下（確切內容需以政府正式立法公告為基準）：
(一) 目標性原則
- 不準新設、不得汙染、不可危害公安。
- 已辦理臨登之 7,400 家廠商，優先輔導合法。
- 長期群聚、無汙染、無公安危險工廠就地輔導合法。
- 2016 年 5 月 20 日後新增之違規未登記工廠，嚴格執行拆除。
- 鼓勵民眾檢舉 2016 年 5 月 20 日後新增之未登記工廠，或之前已存在且具備高污染性的工廠。
(二) 管理性原則：全面納管、就地輔導、合法經營
(三) 階段性作業：全面納管、特定工廠登記證、申請變更地目
- 全面納管：低污染工廠皆須取得特定工廠登記證，高污染必須遷廠 ; 取得臨時工場登記證，納管後，繳納納管輔導金，每年約 2 至 10 萬元計。
- 特定工廠登記證：特定工廠登記證每兩年換照一次，必須符合相關規範、繳納回饋金 ; 取得特定工廠登記者，繳納營運管理金，每年約 2 至 10萬 元計。
- 申請變更地目：
取得特定工廠登記業者可提交計畫書，申請變更地目為「特定目的事業用地」，成為合法工廠，必須繳交土地價差等回饋金 (公告現值 50% 調降為 10%)，且不得任意更改產業類別、交易買賣。
(四) 緩衝期時效：
工廠管理輔導法修法後，工廠輔導納管最後緩衝期為期 10 年，已取得臨時登記工廠者，申請為「特定工廠登記」，再進行用地變更成為合法工廠，落日期限尚在討論中；同時放寬輔導期與工廠登記，2016 年 5 月 20 日前屬低汙染且未登記工廠，10年內須輔導取得「特定工廠登記」，若期限內未完成就地輔導合法，還是必須面臨違建工廠拆除的可能性。
農地違章工廠拆除與臨時工廠輔導合法方向
四、 結論與建議
農地違章工廠違法存在事實，為過去發展經濟，未考量環境永續發展的歷史共業，目前面對違章工廠解決方針，政府於考量公平正義與經濟、環境保育等議題之下，積極尋求與構思解決違章工廠相關方式，建議目前尚使用違章工廠或已取得臨時工廠登記之業者，積極把握並配合立院修法機會，於輔導期程內，透過專業顧問諮詢辦理合法申請臨時工廠登記，確保申請程序正確並符合法規與條件，順利取得合法臨時工廠登記或進行土地使用變更。此外，亦可進行評估承租或承購合法且符合需求條件之工業不動產物件，為資產配置進行中長期規劃，建立體質健全且合乎規範的生產製造基礎，確保企業永續經營與發展。
